本中心隸屬於臺北市政府衛生局,為本府二級機關,置主任及秘書各1人,下設2組、兼辦會計室及兼辦人事機構,預算員額26人。組織架構圖如下:

中心本部包含主任(1人)、秘書(1人),各單位職掌(預算員額數)如下:
一、個案管理組 (10人):掌理家戶健康管理、弱勢族群服務、優生保健、中老年防治、及個案管理等事項。
二、健康促進組 (14人):掌理學校衛生、婦幼衛生、癌症防治、生命統計、社區健康營造、急救技能訓練、衛生教育宣導及研考、文書管理、庶務、出納等事項。
三、兼會計室(兼辦1人):秉承上級主計機關之監督及指導,依法辦理歲計、會計、統計等事項。
四、兼人事機構(兼辦1人):秉承上級人事機關之監督及指導,依法辦理人事管理查核等事項。